Для управления комплексом используется специальное приложение Синапс Администратор. Можно соединять, разъединять и блокировать абонентов, создавать группы, переназначать лицензии, подключать и настраивать новые устройства и т.д. Доступен контроль состояния устройств комплекса и прослушка любых звуковых потоков. Есть визуальный контроль и измерение уровней сигнала. Все действия записываются в лог-файл для дальнейшего анализа. Внутри административного приложения доступны три роли: Администратор, Оператор и Контроль.